HiRE-RNA Contest

Bienvenue sur la page d'accueil de HiRE-RNA Contest. Dans cette compétition, les participants manipulent des structures d'ARN interactivement. Ces molécules se retrouvent dans les cellules du vivant, comme l'ADN, mais possèdent d'autres fonctions.

Les participants effectuent des simulations de dynamique moléculaire chez eux. Avec un logiciel de visualisation, UnityMol, ils peuvent tirer sur les atomes et découvrir comment ces molécules se comportent et le lien avec leur fonction.

Les participants envoient ensuite leurs structures d'ARN. Elles sont alors notées et classées.

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Principe

1

Les étudiants génèrent des structures moléculaires.

2

Ils envoient leurs résultats à notre service web.

3

Les fichiers sont notés et classés par RMSD à partir des structures de référence.

UnityMol + HiRE-RNA

Entente Parfaite

Les simulations de dynamique moléculaire sont coûteuses en temps de calcul. Elles prennent beaucoup de temps pour générer très peu de données. Les modèles gros-grain permettent de réduire le nombre d'atomes à simuler. De cette façon, nous obtenons un débit plus haut tout en préservant le comportement moléculaire fondamental et significatif. HiRE-RNA est un de ces modèles gros-grain pour les molécules d'ARN [1,2]. Il nous permet de simuler et capturer le comportement moléculaire significatif tout en étant computationnellement efficace.

UnityMol est un logiciel de visualisation moléculaire appliqué à la biologie. Créé en 2011, il nous permet de prototyper rapidement et de valider de nouvelles représentations moléculaires. Le développement de UnityMol est basé sur le moteur de jeu vidéo Unity3D, une façon prometteuse de concevoir des logiciels de recherche [3,4].

En couplant le simulateur HiRE-RNA à UnityMol, nous obtenons un aperçu direct du comportement moléculaire. Les utilisateurs peuvent aussi directement interagir avec la molécule grâce à leur souris d'ordinateur.

Rencontrez-nous

Vous avez pu nous voir durant ces évènements:

  • EuroVR 2016 - 22-24 novembre 2016, Athènes, Grèce
  • iGAMER 2015 - 29-31 Janvier 2016, Cité des Sciences et de l'Industrie, Paris - France
  • GGMM 2015 - 19ème Congrés - 26-28 mai 2015, Sète - France
  • IEEE VARMS workshop - Virtual and Augmented Reality dedicated to Molecular Science - 24 mars 2015, Arles - France
  • igam4er 2014 - 12-14 décembre 2014, Cité des Sciences et de l'Industrie, Paris - France
  • Reims Image 2014 - AFIG - 25-28 novembre 2014, Reims - France
  • IEEE LDAV 2014 - 9-10 novembre, 2014, Paris - France

Bibliographie

  1. HiRE-RNA: a high resolution coarse- grained energy model for RNA.
    S. Pasquali and P. Derreumaux. J. Phys. Chem. B, 114(37):11957– 11966, Sept. 2010.
  2. Coarse-grained simulations of RNA and DNA duplexes.
    T. Cragnolini et al. J. Phys. Chem. B, 117(27):8047–8060, 2013.
  3. Game on, science - how video game technology may help biologists tackle visualization challenges.
    Z. Lv et al. PLoS ONE, 8(3):e57990, Mar. 2013.
  4. Three-dimensional representations of complex carbohydrates and polysaccharides - Sweet UnityMol: A video game-based computer graphic software.
    S. Pérez, T. Tubiana, A. Imberty, and M. Baaden. Glycobiology, page cwu133, Dec. 2014.
  5. UnityMol: Interactive and ludic visual manipulation of coarse-grained RNA and other biomolecules.
    S. Doutreligne et al. VARMS@IEEEVR 2015, Mar. 2015.
  6. A VR framework prototype for immersive exploration and manipulation of molecular structures based on UnityMol.
    X. Martinez et al. EuroVR 2016, Nov. 2016.

Laboratoire de Biochimie Théorique

HiRE-RNA est continuellement développé depuis 2009 au LBT - Laboratoire de Biochimie Théorique - CNRS UPR 9080. Ce travail a été initié par les docteurs Samuela Pasquali et Philippe Derreumaux. Parmi les contributeurs, nous trouvons Tristan Cragnolini et Cédric Gageat.

UnityMol a été créé en 2011. Contributeurs: Marc Baaden, Zhihan Lv, Alex Tek, Mathieu Chavent, Franck Da Silva, Charly Empereur-mot, Mikael Trellet, Thibault Tubiana, Caroline Roudier, Sébastien Doutreligne, Benoist Laurent, Adrien Danzon, Xavier Martinez, Pierre Ghossoub.

Le laboratoire est situé à l' Institut de Biologie Physico-Chimique - Paris.